UnityLauncherでは、アプリケーションを.desktopファイルというもので管理しているようです。
/usr/share/applications下に、eclipse-kepler.desktopファイルを作り、
[Desktop Entry] Name=EclipseKepler Exec=eclipse-kepler Terminal=false Type=Application Icon=/usr/local/bin/eclipse/icon.xpm
中身をこんな風に記述して再起動したところ、うまくランチャでも認識してくれました。
Execパラメータに記述したのが実行パスになっています。これは環境によって変更する必要がありますね。
ここを参考にしました。
このページではユーザごとに設定をする場合はそちらのページのように、~/.local/share/application下に.desktopファイルを作れば良いようです。
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